現在臨床３年目の理学療法士です。説明として不十分な点もあると思いますがご容赦ください。

理学療法は法律で簡単に言えば運動および物理的手段を加えるものと定義されています。運動も物理的手段もどちらも物理学や生物学、化学などに立脚して行います。理学療法という名称が入ってきた当時は今ほど情報があふれていなかった時代だと思いますので、これらを扱い療法を行うものを指して理学という名称になったのではないでしょうか？

また質問者様の自然科学という点から理学療法の理学を解釈するのであれば、人間も自然界で生きている以上は自然科学の中に存在していると考えることができます。
理学療法を組み立てる上では筋力だったりとか動作分析っていうことを中心に考えてる方が多いと思いますがそもそもは先ほど書いた通り、物理学や化学、生物学などから導かれる自然法則に立脚して考えなくてはなりません。
法則というものは論理的説明できないが現実として確定していると考えることができる事象のことをさしています。（物理学でいえばF=maなどです。これは当然の事実としては存在していますが証明はされていないはずです）
これらは個人的な意見ですが科学的根拠のさらに上の次元のものと思われます。人の動きは全て物理法則に準拠して行われていますので、同列では考えることはできないものです。

長々と分かりにくい説明失礼いたしました。