まず、何故辞めるのかではないでしょうか？
それに、病院の人員配置にも寄り切りですが、12月に辞める予定で、このタイミングで伝えるのは遅いような気がします。それに、転職しても、病院にまた就職するのは、PTでは難しいかと思いますよ。

それはさておき、辞める手順として、まずは所属部署の長に伝えるのがベターでしょう。ボーナスについては、もらえないことはほぼないとは思いますが、減額というか多少なりに少なくても仕方ない気もします。伝え方にもよるとは思いますが。

早く辞めろと言われるかについては、質問者様がどのようなタイプかによりますね。今まで何人か辞めた人を見てきましたが、嫌われて辞める人は、さっさと辞めろと思われてましたし、能力のある人は、残念がられていましたからね。こればかりは、どこの社会でも一緒だと思いますよ。

コメントありがとうございます。12月で辞めるのにこのタイミングで遅いんですね。自分は10月中旬くらいがベストなのかと思っていました。友人が働いている外来整形外科に転職しようと思っており、すでに「いつでも来ていいよ」と向こうの課長と話しはついています。