2018年度の予算編成の焦点であった診療報酬は、2回連続のマイナス改定で決着した。

焦点の診療報酬改定については、全体で０．９０％下げることを決定。全体のマイナス改定は前回（１６年度）に続き２回連続となる。

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診療報酬は、2年に１度見直される。今回は、薬の公定価格である「薬価部分」を1.45％程度のマイナスとし、医師らの人件費や技術料に当たる「本体部分」は、0.55％引き上げる。これにより診療報酬全体で、0.9％の引き下げとなる。

薬価部分は、市場価格の値下がりに合わせた引き下げと、新薬の薬価を一定期間維持する、新薬創出等加算の見直しなどを合わせた引き下げとなる。

本体部分の引き上げは6回連続。2016年度に厚生労働省が行った調査で、一般病院の利益率がマイナス4.2％と病院の経営悪化を理由とした、引き上げを求める日本医師会などの声に答える形となった。

今回の改定により社会保障費の自然増を、目標であった1300億円に抑えることが可能となる。

日本医師会は、自民党とのつながりが強く本体部分のプラスを強く求めていた。しかしながら、財政が困難である事から財務省は、本体部分のマイナスを主張していた。

加藤勝信厚生労働相は、麻生太郎財務相との折衝に臨み、結果として日本医師会の意向に対し、配慮を示す形となった。